Situado en la zona subtropical, el archipiélago tiene generalmente un clima húmedo, afectado por la corriente del Golfo y los vientos del N.E. Hay dos estaciones bien definidas: la de seca, de noviembre a abril; y la de lluvia, de mayo a octubre. La precipitación media anual es de 1 375 milímetros, y la humedad relativa del aire alcanza sus máximos valores en las primeras horas de la mañana y la tarde. El nivel promedio de temperatura oscila entre los 26 y 28°C, a excepción de las llanuras que poseen un nivel promedio más alto, y las alturas y montañas poseen promedios inferiores a los 26°C (en la Sierra Maestra resulta inferior a los 20°C).

En los meses de verano el calor es intenso. El invierno es corto y agradable. La primavera es una estación casi permanente en todo el archipiélago. La región oriental goza de un clima más cálido que la occidental. Las variaciones de temperatura entre el día y la noche varían muy poco en las regiones costeras, aunque no así en regiones tierra adentro. Durante el invierno influyen sobre la isla masas de aire frío procedentes del norte que suelen ser frentes de corta duración. La época de huracanes está delimitada entre junio y noviembre, estos sistemas tropicales vienen acompañados de fuertes lluvias y penetraciones del mar. A excepción de los pocos días invernales, el clima de la isla resulta maravilloso.